几种趋势促使在各种食品加工中使用洁净室。人们对饮食的越关注，就越加重视普通食品质量和增加新鲜食品消费。同时，另一个巨大变化是尽量避免使用添加剂和防腐剂。
　　进行了某种处理而改变了其微生物正常补充的食品特别轻易受环境微生物腐蚀。例如，酸牛奶、乳酪和其他奶制品，果汁、加味牛奶和主菜。蘑菇的生长有时也在洁净室里进行以防止条件性病原孢子生长过度。
　　果汁
　　无菌产品已经占领了单包装（250毫升）果汁和饮料市场。这个市场正扩展到其它的产品生产线，包括牛奶饮料、酒、水以及西红柿产品和一公升大包装。
　　奶制品
　　瑞士的酸牛奶、无菌牛奶或奶酪的加工，以及瑞典的香肠包装中经常用到无菌处理。
　　一些大型设施要求100,000级（ISO8和9级）以上。在美国，Jerome乳酪公司在爱达荷州杰罗姆建造了一个3,600万美元，面积140,000平方英尺的乳酪和乳清产品厂。该厂有4个主要加热和透风系统可输送高达每分钟130,000立方英尺的过滤效率为95%的空气，每小时换气15到20次。车间采用正压，空气从加工区向外流。
　　公共和贸易厨房
　　在需要预备很多食品的地方利用洁净室技术是有好处的。在法国Amiens，Sulzer公司为中心厨房设计了洁净室，那里天天要给在校学生、老年人及城市雇员预备12,000顿饭。Sulzer装备了ISO5级（100级）洁净室，以及必要的加热和冷躲设施。
　　酿酒厂
　　酿酒厂发现，为了保护其生啤酒，在填充操纵中必须控制环境污染。采用洁净室进行封闭式填装作业，天花板上安装HEPA过滤器，地板带孔已经成为发展趋势。
　　南美哥伦比亚污染控制公司是一家为食品、医药和产业区建造清洁环境的专业公司。该公司在设计中为啤酒、果汁和汽水无菌填装工艺增加了ISO5级（100级）和ISO6级（1,000级）洁净室。
　　传统系统中隧道式巴氏消毒法对产品进行各种高温处理，得到的产品在物理特性上发生变化。相比之下，对受控巴氏消毒法的无菌充装采用较低热处理，可在几方面改进产品的质量。
　　在啤酒方面，可改进感官特性，例如香气味风格和新鲜度。还可进步多数产品的稳定性，延长储存期。而用于果汁，则避免了象管道巴式消毒法那样受到长时间高温处理，因而没有造成营养损失。结果，香味、口味及颜色等感官性能都得到改善。
　　肉类加工
　　美国联邦农业部一项研究表明，美国的即食肉制品差未几有5%都感染了单核细胞增多性李氏菌（Listeriamonocytogenes），一种可以使人致命的食品传染病菌，可导致败血症、脑膜炎或脑膜脑炎（meningo-encephalitis）——一种影响大脑和脊髓组织的疾病。对于孕妇来说，李氏菌属可引起胚胎夭折和死产。即食肉制品市场的扩大是增加对洁净室技术需求的一个因素。瑞典是这一领域的先行者。
　　面包房
　　面包房现在正逐渐接受洁净室技术。日本有很多这种例子。受神户市的NadaWard合作机构委托，Chiyoda建筑公司设计了一座通用食品厂。这一工厂有3000m2的建筑面积，是神户市Rokko岛上一个8层高的建筑，它使用了清洁技术。这个工厂生产几种面包、糖果、大豆豆腐、面条和几种传统的日本食品。
　　糖果产业采用了生物洁净室技术。新的、越来越复杂的、包装新奇的糖果产品增加了对受控环境的需求（温度、湿度、细菌的水平，等等），以及生产过程的自动化，以便保证良好品质和耐久性。

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